М.К.Кукенов 180-нен астам ғылыми еңбек жазды, оның ішінде: 1) Флавоноидсодержащие растения Юго-Востока Казахстана (1984); 2) Ресурсы лекарственных растений Казахстанского Тянь-Шаня (1989) деген монографиялары және «Ботаническое ресурсоведение Казахстана (1999) деген оқулығы бар.
Қазақстанда әртүрлі табиғи аймақтар және белдеулер бар және олардың флорасы және өсімдіктер ресурстары өте бай екендігін ерекше айтуға болады. Қазақстан тәуелсіздік алғанға дейінгі халық шаруашылығының шикізаттық бағытта дамуы Қазақстан биоферасына өзінің үлкен зияның тигізді. Көмір, қара және түсті метал, фосфорит және т.б. нәрселелерді өндірудің қарқынды дамуы Қазақстанның көптеген облыс орталықтарында экологиялық ортаны бұзды. Оларға қосымша тың және тыңайған жерлерді жалпы қайта жырту топырақ қабаттарының бұзылуын апатты жағдайға алып келді. Қазір Қазақстанда бұрынғы кезде кең тараған бетегелі-жусанды табиғи далаларды табу қиын.
Қазақстандағы ядролық сынақ полигондарының көп жылдар бойы қызмет жасауы, Қазақстанның көптеген территориясына, әсіресе Орталық Қазақстаның, Шығыс Қазақстанның экологиялық жағдайына үлкен зиянын тигізді.
Жоғарыда аталған техногендік экологиялық факторлардың зардабы әлі көпжылдар бойы халықтың денсаулығына кері әсер етеді. Бұл айталғындарға Арал, Балхаш және Каспий проблемаларын қосатын болсақ, онда Қазақстанда әртүрлі сынақтар өткізілгенін табиғатты пайдаланудың ең сорақы, қиратқыш әдістері қолданғандығын көреміз.
Солардың салдарынан Қазақстанның көптеген региондары, территориялары экологиялық апатты аймақтарға жатқызылғаны және тез қалпына келтіру бүгінгі заман талабы.
Өсімдіктер және жануарлар әлемі қандай жан түршігерлік өзгерістерге ұшырағаны өзінен-өзі түсінікті. Бұл процестің бір көрінісі ол Қазақстан Қызыл кітабына енген өсімдіктер және жануарлар түрлерінің жылдан-жылға өсуі. Мысалы, 1981 жылы шыққа Қазақстан Қызыл кітабына 190 шамасында өсімдік түрлері кірген болса, жақында шығатын қызыл кітапқа 400-ден астам өсімдіктер түрлері кірген. Бұл әрине тірі табиғат үшін апатты жағдай. Ғалымдардың мәліметтерінде Қазақстан территориясының 60% антропогендік деградацияға ұшырап және шөлге айналып бара жатқандығы айтылады. Қазақстан Республикасы үшін қазіргі кезде ең өзекті мәселе ол өсімдіктер әлемін және олардың ресурстық потенциалын қалпына келтіру және олардың алуантүрлілігін сақтау.
Пайдалы өсімдіктерді тиімді пайдаланып қорғап және сақтаудың негізгі екі жолы бар:
1) Өндірістік популяциялары бар жоғары өнімді учаскелер есепке алынуы керек және тұрақты бақылауда болуы керек.
2) Шикізаттық өсімдіктерді мәденилендіру. Бірақ та пайдалы өсімдіктерді мәденилендіру процесі өте ұзақ және шығыны көп, яғни экономикалық жағынан тиімсіз. Өйткені өсімдіктерге алдымен суарылатын, құнарлы топырақты жер керек.
Ал біздің республикамызда мұндай жерлер өте аз. Ондай жерлердің көп бөлігіне ауылшаруашылық дақылдары, бау-бақшалар егілген. Сондықтан адамдарға өте қажетті тағамдық өсімдіктердің орнына әлі тиімділігі толық дәлелденбеген дәрілік өсімдіктерді егуге халық та, мемлекет те рұқсат бере қоюы өте қиын нәрсе. Сондықтан пайдалы өсімдіктерді қорғап сақтаудың логикаға сиятын халық қолдайтын тәсілі ол сол табиғатта бар пайдалы өсімдіктердің қорын өте ұқыптылықпен ғылыми тұрғыдан дұрыс пайдалана білу керек. Республикамызда бірнеше ірі химиялық өндіріс орындары (Шымкенттегі химфармзавод, Оралдағы мия өңдейтін завод, Алматыдағы фармацевтикалық фабрика және т.б.) бар болғанымен елімізде медициналық және фармацевтикалық өндірістер күшті ғылым потенциалын әлі құра алған жоқ (Кукенов, 1999). Соңғы жылдары бұл бағытта алғашқы қадамдар жасалды. Мысалы Қарағанды қаласында фитохимия ғылыми – зерттеу институты ашылды, алғашқы отандық препараттар шығарыла бастады. Профессор М.К. Көкеновтың (1999) ойынша, Қазақстанның ботаник-ресурстанушыларының алдында болашақта мынадай міндеттер тұр.
1. Қазақстан және оның жеке региондары флорасындағы пайдалы өсімдіктердің биологиялық алуантүрлілігін зерттеуді жалғастыра беру.
2. Әрбір жеке шикізаттық өсімдіктердің ресурстық сипаттамасын жасау, оның ішінде міндетті түрде болуы керек: 1) Экологиялық-фитоценотикалық; 2) фитохимиялық ерекшеліктері; 3) ресурстық көрсеткіштері; 4) экономикалық бағасы; 5) пайдаланудың тиімділігі және т.б.
3. Жоғарыда келтірілген көрсеткіштердің бәріне талдау жасаудың негізінде республикамыздығы бар өсімдіктер ресурстарын тиімді пайдаланудың жүйесін жасау.
4. Республикада бар шикізаттар негізінде ұзақ жылдарға арналған бағдарлама жасау. Ол бағдарламада Республиканың әр регионы үшін қандай саланы және өндірісті қамту қажет екендігін көрсету.
5. Бірыңғай ғылыми-өндірістік орталық құру. Ол орталық өсімдіктер шикізатын жинаудан бастап соңғы өнім алғанша жүргізілетін жұмыстардың барлығын үйлестіру керек.
6. Шикізатты жинау, кептіру және сапасына қойылатын талаптар туралы жасалған барлық инструкциялардың қатал орындалуын тұрақты бақылауда ұстау керек.
7. Жергілікті халық пайдаланатын жеке өсімдіктердің пайдалы қасиеттері туралы мәліметтер жинау (Этноботаникалық зерттеулер) және бұрын зерттелген өсімдіктерді сын көзбен қарап тексеру.
8. Шаруашылық үшін бағалы қасиеттері және белгілері бар перспективті өсімдіктерді тереңірек зерттеу.
9. Шикізат ресурстары таусылған (немесе ескірген) өсімдіктерді толық айырбастай алатын жаңа шикізат көздерін іздеу.
10. Ресурс сақтайтын зерттеу тәсілдерін, жинау технологиясын, шикізатты толық пайдалануды қамтамасыз ететін тәсілдері жасау.
11. Табиғатта тапшы және сирек кездесетін пайдалы өсімдіктерді терең жерсіндіру жұмыстарын күшейту.
Профессор М.К. Кукеновтың (1999) көтерген проблемалары 15 жыл өтседе әлі толық шешілген жоқ яғни өзектілігін жоғалтқан жоқ.