Қарахан мемлекетінің негізі үлесті жүйеде қаланып, Шығыс және Батыс — екі иеліктен (хандыктан) тұрды. 1. Шығыс хандық Жетісу аймағы мен Шығыс Түркістан жерін алып жатты. Орталығы Баласағұн қаласына жақын жатқан Орда (оны Қара Орда немесе күз Орда деп атаған), кейін Қашғар каласы болды. 2. Батыс хандық Мауераннахрды биледі. Орталығы алғаш Үзкент, кейін Самарқан қаласы болды.