Шығыс Қазақстанда гидрогеологиялық маңызы бар 3 жер асты сулары қабатынан тұрады.
1. Негізгі жартасты жыныстардан құралған жер асты суларының жеке бөліктерінен тұратын полезойлық қатпарлы фундамент.
2. Су қабатының қалыңдығымен таралу аймағымен тұрақсызбор неогендікдәуірдің құмды газды түзілімдер.
3. Су қабаттары тұрақты 4 кезеңнің шөгінді жыныстары.
Шығыс Қазақстанда тұрақты қалыптасқан су қабаттары жоқ. Территорияның су ресурстарыоның ішіндегі жер асты сулары атмосфераның, жауын-шашынның әсерінен қалыптасқан. Оңтүстік – Батыста 100-150мм. Зайсан ойысы, Солтүстік – Шығыс Алтай тауларында 1500-1800мм. Буланудың шамасы жылына оңтүстік – батыста1600мм, Алтай тауларында 500ммдейін өзгереді. Су ресурстарының негізгі бөлігі булануға жұмсалады.
Шығыс Қазақстанда жер асты суларының пайдалану қоры 12000м3/тәулік. Шығыс субрегионда 64 телімнің (31230000м3/тәулік). Батыс субрегионда 50 телімнің 3млн (392000м3/тәулік) тұщы жер асты суларының пайдалану қоры бар.
Жалпы Шығыс Қазақстан бойынша114 телім бар. Өзен аңғарларымен тауаралық ойпаң жердегі жер асты суларының кен орныдары көбінесе жер беті суларының беткі ағыстарымен қалыптасқан. Зайсан және Тарбағатай жерлерінде орналасқан Дайыр және Шілікті жер асты су кен орындары ауыз су алатын талапқа сай.
Шығыс Қазақстан минералды суларға да бай. Емдік сулардыпайдаланудың 4 кен орындары бар.
1. Рахман қайнары (350м3/тәулік)
2. Арасан – Талды (370м3/тәулік)
3. Барлық – Арасан (340м3/тәулік)
4. Жеменей (250м3/тәулік)
Арасан – Талды жер асты минералдық су кен орны Зайсаннан батысқа қарай 30км орналасқан. Мұнда құрамында натрий, кальций, кремний, хлор бар.
Шығыс Қазақстан емдік минералдық су кен орындары «Қазақстан Республикасының Денсаулық сақтау министрлігінің курорттану және физио емдеу орталықтарының және Қазақстан кордеологиялық ғылыми зерттеу институттарының» зерттеу қортындысы бойынша қолданылады.
Жеменей – Зайсан қаласынан оңтүстікке қарай 16км жерде орналасқан. Өзгещелігі оның құрамында гидрокарбонаттың мол болуына байланысты.
Жер асты сулары пайдалы қазбалардың бір түрі бола отырып үнемі қажетті қор болып табылады.
Жер асты суларының Шығыс Қазақстан бойынша таралуы әркелкі. Олардың көбі Кенді Алтайда, Зайсан мен Алакөл ойыстарында, Семейдің Ертіс бойында, Облыстың батыс бөлігінде, қазанщұңқырда су тапшы болып табылады.
Жер асты суларын қорғау ең үлкен мәселе болып табылады. Жер асты суларының ластануы тау кен өнеркәсібінде, ауыл шаруашылық химияға, түсті металлдарға байданысты. Кен байыту фабрикалары кеніштер т.б. экологиялық мәселе тудырады.
Шығыс Қазақстан геоэкологиялық жағдайы жер асты суларының қорын сақтауға да байланысты. Ластанудың дәрежесі Шығыс Қазақстанда кен құрамының күрделі болуына оларды кендік өңдеудің аяқталған цикілі болмауында және халық санының өсуіне де байланысты. Жер асты суларының ластануының бірнеше түші бар.
1. Биологиялық ластану
2. Органикалық ластану
3. Химиялық ластану
4. Физикалық ластану