Негізінде кі генерал-губернаторлыққа бағындырылған қазақ елін билеп-төстеуді өзгерту ісі патша үкіметінің отаршылдық саясатының бір құрамды бөлігі болатын. 1822 жылы Сібір қазақтарының, 1824 жылы Орынбор қазақтарының жарғылары жаңа капиталистік қарым-қатынастарға, өрістей бастаған өлкенің шаруашылық даму талабына қайшы келді.
ХІХ ғасырдың 60 жылдарында қазақтарды басқару жүйесін өзгерту үшін статс-хатшы И.И. Бутков басқарған комиссия құрылды. Бүкіл қазақ даласын екі облысқа – орталығы Торғай өңірінде болатын – Батыс және орталығы Сергиопольде немесе Қарқаралыда болатын Шығыс облыстарға бөлу көзделді. Комиссия ұсынысы Орынбор генерал-губернаторы А. П. Безакқа тапсырылды. 1864 жылы 29 қыркүйекте А. П. Безак Орынбор қазақтарының облыстық басқармасына қажетті мәліметтерді жинастыруды тапсырды.
1865 жылы А. П. Безактың отставкаға шығуына байланысты оның орнына жаңа губернатор Н. А. Крыжановский тағайындалды. И.И. Бутков комиссиясының ұысыныстары мен пікірлері қабылданбады. Қазақ өлкесін басқару ісін өзгертуді дайыйдау Ішкі істер министрлігі кеңесінің мүшесі Гирс басқарған «Дала комиссиясына» жүктелді. Оның құрамына Бас штабтан – полковник Ф. К. Гейнс, Орынбор өлкесінен полковник К. К. Гутковский, Батыс-Сібір генерал-губернаторлығынан капитан А. П. Проценко енді.
1865 жылы 5 маусымда ІІ Александр патшаның әмірі бойынша өлкені зерттеп білу мәселелері дайындалды. Әкімшілік басқарудың жаңа жүйесіне сай келетін жағдайлардың көпшілігі сонда қамтылған еді: өзіндік ауыртпалықтар, жерді иелену түрлері, сот ісі, ағарту ісі, алым-салық, діни мәселелер.
Ғалым Шоқан Уалиханов Қазақстанды билеуді халықтың өзін-өзі басқару негіздерінде қайта құруды талап етті. Қазақ жерінде реформаны тезірек іске асыруды көздеген комиссия ат төбеліндей феодалдық топ өкілдерімен ақылдасып, мәліметтерді солардан жинады. Батыс-Сібір генерал-губернаторлығында комиссия ірі бай Мұса Шорманұылынан, билеуші сұлтан Шыңғыс Уалианұлынан, Орынбор өлкесінде билеуші аға сұлтан Сейдәліұлынан, тағы да басқа ауқатты ақсүйектерден жиналған мәліметтерге сенім артты.
1867 жылы 11 шілдеде ІІ Александр патша «Сырдария мен Жетісу облыстарын басқару туралы уақытша Ережені», ал 1868 жылы 21 қазанда «Орынбор және Батыс-Сібір генерал-губернаторлығындағы Дала облыстарын басқару туралы уақытша Ережені» бекітті.
Бүкіл қазақ жері 3 генерал-губернаторлыққа бөлінді: Түркістан, Орынбор және Батыс-Сібір. Генерал-губернаторлықтар жеке облыстарға жіктелді.
- Орынбор генерал-губернаторлығы – Орынбор және Торғай облыстары;
- Түркістан генерал-губернаторлығы – Жетісу және Сырдария облыстары;
- Батыс-Сібір генерал-губернаторлығы – Ақмола және Семей облыстары.
1872 жылдан бұрынғы Бөкей хандығының жері Астрахань губерниясына, ал Маңғыстау приставтығы 1870 жылан Кавказ әскери округінің басқаруына, кейіннен Закасаий облысына енгізілді. Әскери және азаматтық биліктің генерал-губернатор қолында шоғырлануы 1867-1868 жылдардағы реформаның бір түйінді жері болды. Ал Түркістан генерал-губернаторлығына сонымен қатар Қытай жән Иран сияқты елдермен дипломатиялық келіссөз жүргізуге де рұқсат етілді.
Облыс басында тұрған әскери губернатор сонымен қатар, сол аймақтағы казак әскерінің үкімет тағайындаған атаманы болып есептелді. Әскери губернатор жанында іс жүргізумен айналысатын облыстық басқармалар ұйымдастырылды. Ол үш бөлімнен тұрды: шаруашылық, сот істері және жарлықты жүзеге асыру. Облыстық басқарма істерін қадағалау вице-губернаторларға тапсырылды.
Облыстар уездерге бөлінді.
Сырдария обылысында – Қазалы, Перовск, Түркістан, Шымкент, Әулиеата, Ташкент, Ходжент, Жизақ.
Батыс Қазақстан обылысында – Орал, Атырау, Калмыков, Жем.
Торғай облысында – Елек, Қостанай, Ырғыз, Торғай.
Ақмола облысында – Көкшетау, Омбы, Петропавл.
Семей облысында – Баянауыл, Зайсан, Көкпекті, Қарқаралы.
Жетісу облысында – Сергиополь, Қапал, Верный, Ыстықкөл, Тоқмақ.
Генерал-губернаторлар тағайындап отырған уезд бастықтарына көмекші екі кісінің біреуі жергілікті халық өкілдерінен алынды. Уездер аймақтық принципке негізделген болыстарға, ал болыстар 100-200 шаңырақтан тұратын ауылдарға бөлінді. Ірі ақсүйектер іріктеніп алынатын болыс және ауылнайлар патша үкіметінің Қазақстандағы отаршылдық саясатына тірек болды. Сырдарияның отырықшы елді мекендерін басқару билігі ақсақалдар қолына берілді. Облыстық әскери губернаторлар бекіткен ақсақалдар арнайы өкілдер жиындарына үш жылға сайланатын. Ауылдық және болыстық старшындар сияқты ақсақалдарға да олардың билік көрінісі ретінде қоладан құйылған арнайы белгі және мөр тапсырылатын.
1867-1868 жылдардағы реформалар арқылы әскери сот комиссиялары мен уездік соттар құрылды. Ашық таптық сипаты бар сот мекемелері патша үкіметінің отаршылдық саясатын жүргізу құралына айналды. Сырдария облысында ққазылар соты сақталса да, әскер уездік соттардың дау-жанжалдарды шешудегі әсері басым еді. Алайда сот істеріндегі өзгерістер – ол ескі шариғаттық патриархалдық-феодалдық салттардың күнделікті өмірге әсеріне шек қойды. Әрбір болыста шаңырақ санына қарай 4-8 биден сайланатын еді.