1. Ұлттық парктер мен қорықтар.
2. Қорықшалар және табиғат ескерткіштері.
ШҚ-ғы табиғат қорғалу орындарының бағыттарымен аумақтары әртүрлі. Табиғат қорғау орындары мынадай түрге бөлінеді:
1. Ұлттық парктер
2. Қорықтар
3. Қорықшалар
4. Тарихи ескерткіштері
5. Тарихи резерваттар
ШҚ-ғы алғашқы табиғат қорғау орындары 20 ғ 40 жылдарынан бастап құрыла бастады. Ұлы отан соғысына байланысты бұл жұмыс тоқтап қалды. Сондықтан ШҚ-ның негізгі табиғат қорғау орындары 60 ж бастап қалыптасты 60 жылдағы табиғат қорғау орындарының көпшілігі 10 жыл мерзімінде ұйымдастырылды.
2002 жылғы 27-ші маусымдағы ҚР үкіметін мемлекеттік табиғи қорықтармен Республикалық маңызы бар табиғи ескерткіш туралы қаулысы бойынша табиғат қоғау туралы шаралары басқаша ұйымдастырыла бастады.
2003 жылы 23 сәуір ҚР үкіметінің №75 қаулысы бойынша Семей орманы табиғи резерваты құрылды. ШҚ аумағында жоғары дәрежелі табиғат қорғау орындары: Катон-Қарағай ұлттық саябағы, батыс Алтай ұлттық саябағы, Марқакөл мемлекеттік қорығы және Алакөл қорығы.
Катон-Қарағай ұлттық саябағы: 2001 жылы 17 маусымда құрылды. 643477 аумағы.
Міндеттері:
1. Оң түстік Алтай экожүйесін сақтау
2. Таулармен өсімдіктерін генетикалық қорындарын сақтау
3. Табиғи және мәдени мұра болып саналатын жер телімдерімен обьектілерді сақтау
4. Саябақ аумағында ғылыми зерттеу жүргізу және моноторлы экотоптарды жүргізу
5. Туризм және демалыс орындарын ұйымдастыру.
Саябақ аумағындағы 4 негізгі зона биіктік орналасқан.
1. Нивальды (қар жататын белдеу)
2. Тундралық шалғынды белдеу
3. Таулы орманды белдеу
4. Таулы шалғынды далалық белдеу
2 мұздану орталығы бар:
1. Катон жотасында.
2. Оңтүстік Алтай жотасында орналасқан мұздардың қалыңдығы 50-150 метрге дейін жетеді.
Жануарлар дүниесі тайгамыз және биіктік аймақтар таулы сипатында. Сүтқоректілері қоңыр аю, қасқыр, түлкі, бұлғын, борсық, сілеусін, марал, бұлан, Алтай суыры, тиін, таутеке, елік.
Құстарының 276 түрі бар, қызыл кітапқа енген: даумұрын, тұрпан, қара дегелек, үкі, бүркіт, лашын, Алтай ұлары.
Балықтар: майқан, таймен, ленок.
Бауырыменжорғалаушылар: сұр жылан, жолақты жылан, тірі туатын кесіртке.
Саябақтың аумуғы жемісті және дәрілік өсімдіктерге өте бай.
Батыс Алтай саябағы: 1992 жылы шілдеде құрылған. Аумағы 5678 га.
Міндеті:
1. Батыс Алтайдың таулы ормандарымен жануарлар дүниесін қорғау. Аумақтық зоналары:
1. Альпілік шалғын таулы тундралық белдеулер
2. Тайга
3. Аралас орман
4. Шөптесім өсімдіктермен бұтақтар
Саябақтың аумағында 14 мұздық бар аумағы 1,1 км2.
Сүтқоректер түрі 52: қоңыр аю, түлкі, бұлғын, марал, елік, бұлан, тиін.
Құстардлың 200 түрі.
Қосмекенділер-2.
Бауырымен жорғалаушылар – 2 түрі.
Марқакөл мемлекеттік қорығы: 1776 жылы 14 тамызда Күршім және Азутау жотасының арасындағы қазаншұңқырда ұйымдастырылған. Қазаншұңқыр 1449 метр биіктікте Марқакөл орналасқан. 75 га қорық аумағы кіреді 43900 гектарын көл алып жатыр.
Міндеті:
1. Қорық аумағында ғылыми зерттеу жұмыстарын жүргізу.
2. Сирек кездесетін жануарлармен өсімдіктер түрін қорғау.
3. Туризм және демалыс орындарын ұйымдастыру.
Өсімдіктер 900 түрі бар. Жоғары сатылы қызыл кітапқа және сирек кездесетін ШҚ-ның және жойылып бара жатқан өсімдіктердің кадастырына алтын тамыр, маралтамыры, сібір қалдығы, Алтай қымыздығы, Алтай тобылғысы.
Құс- 255 түрі.
Қосмекенділер- 58 түрі: Америка дегелегі, өзен камшаты.
Бауырымен жорғалаушылардан сұр бақа.
Алакөл мемлекеттік табиғи қорығы: 1998 жылы 21 сәуірде ұйымдастырылған. Аумағы 20743 гектар.
Міндеті:
1. Жоңғар алатауынан басталатын ұсақ өзендерді сақтау.
2. Көл құстарын қорғауға алу.
3. Демалыс орындарын ұйымдастыру.
Құстар: қызғылт бірқазан, қарқылдақ шағала, сұңқылдақ аққу, аққұйрық субүркіті, реликтік шағала. Маусым миграция кезінде Алакөл маңына 5000000 құстар жиналады.
Тарбағатай мемлекеттік табиғи қорықшасы: зоологиялық 1983 жылы 23 сәуірде ұйымдастырылған. Аумағы 240 мың гектар. Шілікті қазаншұңқырымен маңырақта орналасқан.
Міндеті:
1. Қорықша аумағындағы жануарлар дүниесін қорғау. Өсімдіктер шөлдік далалық және таулық түрлері кездеседі. Сүтқоректілер: дала мысығы, арқар. Құс: бүркіт, далақыраны, бөктерге қырғи, жыланшы бүркіт, үкі, қара дегелек, тырна, безгелдек, дуадақ, қабан, қоңыр аю.
Құс- 151 түрі.
Сүтқорек- 51 түрі.
Қосмекен- 2 түрі.
Бауырымен жорғалаушылар- 8 түрі кездеседі.
Құлынжон мемлекеттік табиғи қорықшасы: Зоологиялық Семей ауданының Құлынжон өзенінің маңында 1967 ж 29 қарашада ұйымдастырылған. Аумағы 46 мың гектар.
Сүтқорек- 20 түрі.
Қорғауға алынған: елік, дала мысығы, эвросмон тышқаны, андатра т.б.
Өсімдіктер- 200 түрі шөлейт зона өсімдіктері.
Бауырымен жорғалаушылар- 6 түрі
Қосмекенділер- 2 түрі
Құс- 80 түрі кездеседі.
Қаратал табиғи заказнигі: ботаникалық 1978 ж 6 сәуірде ұйымдастырылған. Аумағы 1300 гектар. 1211 гектар шырғалық алып жатыр. Сирек кездесетін торанғы ағашы, қаратал көктерегі, қорықша аумағында Зайсан бұзаубасы, бадырақ кесіртке, шэл және шөлейт зоналарының өсімдіктері кездеседі.
“Төменгі тұрғысын” қорықшасы: Ботаникалық 1976 ж 6 сәуірде ұйымдастырылған. Бұқтырма тұрғысынды Бабровка аумағында орналасқан. Аумағы – 202 гектар.
Міндеті: Бағалы дәрілік өсімдіктерді қорғау. Алтай доланасы, итмұрын т.б. Алтай доланасы 140 гектар жерді алып жатыр.
“Рахман қайнары” мемлекеттік табиғи қорықшасы: Ботаникалық – геологиялық 1979 ж 5 қаңтарда ұйымдастырылған, Ақберел өзені алабында орналасқан. Аумағы – 109 мың гектар.
Міндеті: Табиғи геологиялық ланшафтардың биік таулы аймақтар флорасының сирек кездесетін түрлерін қорғау.
Флоралық құр.-630 түр
88 түрі- мүк
28 түр- қына
28 түр- саңырауқұлақ тәрізділер.
Қазақстанның аумағында бірнеше ірі сарқырамалар бар: Ең ірісі Көккөл 47 метр биіктіктен ағады. Ақберел- Қазақстан Алтайының қазіргі мұздану орталығы болып табылады. Аумағы – 27,7 киллометр квадрат. 17 мұздық бар.
Әлет табиғат қорықшасы: ботаникалық 1971 ж құрылған, Үржар ауданында орналасқан. Аумағы – 112 гектар. Сиверс жабайы алмасы, Тарбағатай итмұрыны, қараған, тобылғы, мойыл.
Жануарлары: борсық, суыр, кекілік.
Көктау самырсын тоғайы: Ботаникалық 1982 ж 17 сәуірде құрылған. Аумағы- 157 гектар Ұлан ауданында орналасқан.
Міндеті: Ертістің сол жағындағы сирек кездесетін Сібір самырсынының реликтілік массивін қорғауға алынған. Самырсын аумағы- 97 гектар Көктау тауында орналасқан. Аю, бұлан, қоян, борсық, түлкі, тиін, құр кездеседі.
Асубұлақ мемлекеттік табиғи қорықшасы: 1979 ж 25 мамырда ұйымдастырылған геологиялық минералогиялық бағыт. Аумағы – 2,
6 млн км квадрат. Қорықша Ақтау кен байыту комбинатымен Аюда орман шаруашылығының аумағында орналасқан. Қымбат, жартылай қымбат, сирек металдар кездеседі. Сирек – ниобит, тантал, литий, цезий 100 астам негматит минералдары кездеседі. Бұл жерді нағыз табиғи геологиялық музей деп атауға болады.
Тархан мемлекеттік табиғи ескерткіші: 1979 ж 24 мамырда құрылған. Аумағы – 2 гектар Үлбі өзенінің оң жағалуаында орналасқан.
Міндеттері: Девон және карбон (360-330 мм жыл бұрын) дәуірдегі Тархан свитасының қорғау. Тархан кесіндісі қосқабаттардан тұрады. Төменгі – брахлопот қалыңдығы -250 метр, жоғарғысы – реторин қалыңдығы 360 метр.