Шығыс Қазақстанның жануарлар дүниесі голарктикалық патшалыққа жатады. Подоблысытары:
1. Циркумбореалдық подоблыс
2. Орталық Азия подоблысы
3. Жерорта теңіз подоблысы
Облыс аумағында сүтқоректілердің 114 түрі, құстардың 388 түрі, бауырмен жорғалаушылардың 26 түрі, қосмекенділердің 5 түрі, балықтың 37 түрі, насекомдардың 1500 астам түрі кездеседі. Қызыл кітапқа кіргендері құстардың 40, сүтқоректілердің 12, бауырмен жорғалаушылардың 5, балықтың 2, насекомдардың 31, қосмекенділердің 1 түрі кірген. Барлық жануарлар дүниесі 6 класқа жатады.
Шығыс Қазақстан мынандай зоогеографиялық аумақтарға бөлінеді.
1. Нртіс бойы жазығы
2. Батыс Алтай
3. Орталық Алтай
4. Оңтүстік Алтай
5. Қалба таулары
6. Қазақтың ұсақ шоқысы
7. Сауыр Тарбағатай
8. Маңырақ
9. Зайсан ойысы
10. Балқаш Алакөл ойысы
1. Ертіс бойы жазығы — Европалық Сібірлік фауналар әсері. Обь өзенін мекендеген балықтың кейбір түрлері бар, олар осыны дәлелдейді. Балықтары: Сібір бекіресі, сүйрік балық, сылам балық, торта, тарақ балық, шортан, алабұға. Жер сіндірілгендері көксерке, табан.
Қосмекенділері сұр бақа, сүйрік тұссық бақа, көл бақасы кездеседі.
Құстардың 200ден астам түрлері мекендейді. Көбі су құстары, жабайы қаз, үйректің бірнеше түрлері шүрегей, қараала үйрек, қызғыш, тәкілдек, мамыр құс, қарқылдақ, шағала, құр мекендейді.
Жыртқыш құстар қырғи, бүктерке торғайдың брнеше түрлері.
Сүтқоректілері далалық, ормандық сасық күзен, ат жалман, дала тышқаны, ақ қоян, сұр қоян.
2. Батыс Алтай қосмекенділердің 4, бауырмен жорғалаушылардың 8, құстардың 226, сүтқоректілердің 68 түрі бар.
Қос мекенділері – сұр және жасыл бақа, көл бақасы, сүйір тұмсық бақа.
Бауырмен жорғалаушылар – тірі туатын кесіртке, сұр кесіртке т.б.
Құстар – қара дегелек, саңырау құр, бүркіт, ителгі, көк бұлбұл, әнші сайрауық, тундра шілі.
Сүтқоректілері – қоңыр аю, алтай көртышқаны, сілеусін, сібір елігі, бұлан, бұлғын, сары күзен. Құндызды жерсіндіру жүргізілген.
3. Орталық Алтай – қосмекенділердің 3 түрі, жасыл бақа, сүйір тұмсық бақа, сұр бақа.
Бауырмен жорғалаушылардан сұр кесіртке, тірі туатын кесіртке.
Құстардың 117түрі бар, маймақ қаз, дөң мұрын, от үйрек. Бұқтырма мен Черновада қара құс, қырғи, тоқылдақ, көк шымшық бар.
Сүт қоректілері – сілесін, сасық күзен, Сібір елігі, ақ қоян, орқоян, орман тышқаны, марал, елік, құдыр аю, бұлғын, құну, тау теке, тиін, суыр.
4. Оңтүстік Алтай – балықтың 10нан астам түрі бар, майқан, талма балық, тарақ балық, қызыл балық, торта, сібір қарауызы.
Қосмекенділердің 3түрі ,сұр, жасыл,
Бауырмен жорғалаушылардың – 11түрі, сұр және тірі туатын кесітке, жолақты жылан, қалқан тұмсық жылан, құстардың 276 түрі мекендейді. Қазақстанның қызыл кітабына 15 кірген – қара дегелек, су бүркіті, бақалтаң қыран, лашын, ителгі, Алтайдың ұлары, ақбас тырна, қарабас өгіз, шағала, үкі, дөң мұрын тұрпан, жабайы кептер.
Сүтқоректілердің 69 түрі – көртышқан, жарғанат, қасқыр, түлкі, қоңыр аю, сусар, бұлғын, сары күзен, өзен камшаты, ілбіс, қабан, құдыр, тау ешкі, алтай тышқаны.
5. Қалба таулары – Оңтүстік Алтайдың, Ертістің сол жағалауының жалғасы болып табылады. Гранитті массивті аласа таулар. Балықтың – 27түрі, шортан, тарақ, ақ қайраң, мөңке балық, сазан, шегіркөз, балық, губач, нәлім, алабұға, көксерке.
Бауырмен жорғалаушылардың – 10шақты түрі – тірі туатын кесіртке, сарбас жылан, сұр жылан, қалқан тұмсық.
Қосмекенділердің 4 түрі де кездеседі.
Құстардың – 220дан астам түрлері бар – үйректер: сұқсұр үйрек, от үйрек, қара дегелек, дала қыраны, сұр шіл мен бөдене, ақбас тырна. Кептердің – 7, көкектің 2, жапалақтың 5, тоқылдақтың 6, торғайдың 66 түрі кездеседі.
Сүтқоректілердің 63 түрі мекендейді, 14 жыртқыштар, 29 кемірушілер т.б. борсық, сібір елігі, тиін, тышқанның бірнеше түрлері және қоян мекендейді.
6. Қазақтың ұсақ шоқысы – далалық және шөлдік түрлер басым.
Балық – Балқаш алабұғасы, Балқаш қара балығы ,көк бас балық.
Бауырмен жорғалаушылары – сарбас, сұр жылан, өрнекті жылан, кесіртке.
Құстар – бозторғай, қаратамақ торғай, дала бүркіті, бөдене, шіл, құр, алабұлбұл, айқабақ.
Сүтқоректілердің 30 астам түрі бар, қалқан құлақ кірпі, күзен, қасқыр, түлкі, қарсақ, бөкен, арқар, жоңғар атжалманы, тышқан.
7. Сауыр -Тарбағатай – балықтың 12 түрі кездеседі.шортан, Сібірдің тарақ балығы, шабақ, алабұға, көк талма, Балқаш қара балығы, Балқаш алабұғасы.
1851ж аязда Сауыр балығы жойылған. Жерсіндірілген – губач.
Қос мекенділердің — 5 түрі, құр бақасы, сұр кесіртке, су жылан, қызыл жылан.
Сауыр – Тарбағатай мен Маңырақ құстары 200түрден, құралған. Мұнда негізгі таралғандары – жыланшы бүркіт, дала қыраны,дуадақ, батпақ жапалағы, жартас кептері, үкі, маубас жапалақ, тоқылдақ, бозторғай, қызыл құйрық тағанақ, бұлбұл, сандуғаш, арша құнағы және жартас сары торғайы. Тянь-Шань құстарының кең таралғаны: ұлар, құралай, от құйрық торғай.
Сүтқоректілері – 60 түрден тұрады: қоңыр аю, сабанчы, сілеусін, марал, елік, арқар, суыр, Тянь-Шань тышқаны, қосаяқ, күміс тоқал тіс, құм қоян, ақ қоян, ілбіс.
8. Балқаш –Алакөл ойысы – Балықтың 10 астам түрі бар. Қызыл кітапқа енгендері: Балқаш алабұғасы, Балқаштың қара балығы, губач, Сібір тарақ балығы. Жерсіндірілген сазан.
Қос мекенділері – жасыл құрбақа, жасыл бақа.
Бауырмен жорғалаушылардың – 23 түрі бар, 9 түрі эндемик болып табылады. Құлақты бұзаубас, жолақты кесітке, оңтүстік жыланы т.б.
Балқаш-Алакөлде құстардың 251 түрі бар. Олар 17 отрядқажәне 52 тұқымдастарға бөлінеді. Соның 164 түрі жыл құстары. 28 құс қызыл кітапқа енген. Бірқазан, өгіз шағала, жалбағай. Үйректің бірнеше түрі кездеседі – аққұтан, ай қабақ, бозторғай, шақшақай, сары торғай.
Сүтқоректілерің 58 түрі бар, 5 түрі насеком жегіштер, 6 түрі қолқанаттылар, 12 түрі жыртқыштар, 3 түрі жұп тұяқтылар, 30 түрі кемірушілер, 4 түрі қоян тектестер. Жануарлары: арқар, шұбар күзен, Балқаш андатрасы, құм тышқаны, жыңғыл тышқаны, моңғол шықылдағы, Сібір елегі, қабан, сабаншы, қарсақ.