Экологиялық құқықтың келесі белгісі экологиялық қатынастарды құқықтық реттеу әдісінің болуы. Құқық теориясынан мына жайт та белгілі: құқық саласының әдісі ретінде қоғамдық қатынастарға қатысушыларға ықпал ету тәсілдері, осы қатынастарды реттеу тәсілдері танылады. Экологиялық құқық жуық арада ғана дербес сала ретінде танылуымен байланысты экологиялық құқық әдісін анықтау тұрғысында әлі де болса бірегей пікір болмай отыр. Қазіргі көзқарастар арасында әдіс ретінде ұсынымдар мен міндетті нұсқамалар әдісі деп аталатыны да белгілі, басқа бір көзқараста – экологиялық құқықта дербес әдістің болуын жалпы теріске шығарады, үшінші көзқараста – экологиялық қатынастарды реттеу үшін осы заманғы құқықтың белгілі әдістерінің бәрі тартылады делінген.
Экологиялық құқық әдісі туралы мәселе елеулі ғылыми проблема болып табылады және ол жеке зерттелуге тиіс. Әдістің ерекшелігі құқық саласы мен реттеу пәні сипаттамасынан бастау алуымен анықталады. Экологиялық құқықтың анықтауыш белгісі саланың кешенділігі ұғымынан, табиғат ресурстарын пайдаланудың ішкі салалық процестерін ортақ мақсатқа – адамның тіршілігі үшін жарамды табиғат сапасын сақтаудан бастау алады. Ғалымдар мынаны дәлелдеп отыр: экологиялық құқық құрамына жататын жекелеген салалардың (жер, су, тау және т.б.) өз жүйесі, өз мәні мен өз әдісі болады. Алайда экологиялық құқық әдісі – бұл неғұрлым күрделі құбылыс. Біздің көзқарасымызда, экологиялық қатынастарды реттеуде осы заманғы заң ғылымында белгілі көптеген әдістер, құқықтық тәсілдер қатысады. Солардан экологияландыру әдісі «орталық» орын алады. Оның мазмұнынан экологиялық құқық қатынастарын құқықтық реттеу тәсілін ұғынған жөн, бұл ретте қоршаған табиғи ортаға немесе оның жекелеген ресурсын пайдалану немесе кез келген шаруашылық және өзге де ықпал ету бүкіл табиғат сапасын сақтау мақсатына бағындырылуына тиіс. Пайдалы қазыналарды өндіру, өнеркәсіп обьектілерін салу кезінде, республика аумағына шетелдік өнеркәсіп технологияларын әкелу кезінде, ғарыш обьектілерін пайдаланған кезде және т.б. кезінде барлық жерде экологияландыру әдісі қолданылады.
«Басты» мәртебесі бар осы әдістен басқа экологиялық қатынастарды реттеуде азаматтық-құқықтық әдісі – тараптардың теңдігі әдісі қатысады. Бұл әдіс, егер экологиялық құқық қатынасының мазмұны азаматтық-құқықтық мәмілелер, залалдың орның толтыру болып табылатын жағдайларда, қолданылады. Бұл қатынастардың субьектілері, әдетте, тең құқылық жағдайда болады, бір-біріне тәуелсіз құқықтар мен міндеттердің бірдей көлеміне ие болады. Оларды тек шарт қана байланыстырады (мысалы, жер учаскесін жалға алу, шарттың талаптарын сақтамаған жағдайда дау тек сот тәртібінде ғана шешілуі мүмкін).
Экологиялық құқық қатынастарының елеулі саны биліктің ықпал етуімен реттеледі. Бұл әдіс субьектілер бағынышты, тәуелді болған, олардың құқықтары мен міндеттерінің көлемін жоғары тұрған субьекті анықтаған жағдайдағы экологиялық құқық қатынастарында қолданылады. Айталық, Қазақстан Республикасының аумағында табиғат ресурстарын пайдалану жөніндегі барлық құқық қатынастары іс жүзінде мемлекеттік орган беретін рұқсаттың (лицензияның) негізінде жүзеге асырылады, бұл орган осы қатынастың туындауына, өзгеруіне және тоқтатылуына ықпал етеді.Биліктің ықпал етуінің (императивтік) әдісі табиғат ресурстарын пайдалану жағдайында, кінәлі адамдарды жауапкершілікке тарту жөнінде министрліктер мен ведомстволар басқаруды жүзеге асыру кезінде, бекітілетін табиғат қорғау шараларын жүзеге асыру кезінде қолданылады.
Мәжбүрлеу әдісі кінәлі адамды жауапкершілікке тарту жөніндегі қатынастарды реттеу кезінде қолданылады. Бұл әдіс биліктің ықпал ету әдісінің құрамдас бөлігі ретінде толық заңды түрде қарастырылады, өйткені кінәлі адам мемлекет белгілеген тәртіп ережесін бұзған кезде құқық қатынасын реттеу болып табылады.
Экологиялық құқықта келесі әдістің пайда болуы республикада нарықтық қатынастардың қалыптасуымен, басқарудың әкімшілік әдістерінен экономикалық әдісіне көшуімен байланысты болады. Экологиялық қүұқықтың бұл әдісі экономикалық әдіс деп аталады. Осы әдістің көмегімен табиғат ресурстарын пайдаланғаны үшін, қоршаған табиғатты ластағаны үшін төлемдерді алу жөніндегі құқық қатынастары реттеледі. Осы әдістің негізінде табиғат қорғау шараларын материалдық ынталандыру жөніндегі құқық қатынастары қалыптастырылады, ал бұл кең ауқымды кешенді іс – экологиялық жағынан таза өндірістерді ұйымдастыруға кредит беру, жеңілдікті жәрдем ақшалар, экологиялық банктерді құру. Экономикалық әдіс қаржы құқығына жатады және экологиялық құқық үшін пайдалану әдісі болып табылады.
Экологиялық қатынастарды реттеудің халықаралық-құқықтық әдісі қажет әдіс, өйткені экологиялық құқықпен табиғат ресурстары қорғалады және пайдаланылады, олар бірнеше мемлекеттің аумағы бойынша көшіп отырады. Обьективті құрылым ретінде табиғат кешені мемлекеттерге, құқықтық режимге тәуелді болмайды, бірақ ол табиғат процестеріне тәуелді болады, олар әр алуан мемлекеттердің аумағы арқылы өтеді. Бір мемлекеттің меншігі болмайтын табиғат обьектілері бар, қайта бүкіл адамзатқа тиесілі болады (әлемдік мұхит, ауа, озон қабаты және т.б.). Қазақстан Республикасының экологиялық заңнамасы бұл жағдайларда қазіргі халықаралық экологиялық конвенциялар мен шарттарға бағынады. Атап айтқанда осы жағдайларда халықаралық әдіс қолданылатын болады.
Сөйтіп, экологиялық құқықта негізгі әдіс ретінде экологияландыру әдісі танылады, қалған әдістер ілеспелі, қосымша әдістер болып табылады.