Тілдің фонетикалық жүйесінің тарихы немесе тарихи фонетика жеке дыбыстардың немесе жеке фонетикалық құбылыстардың өзгеру, даму тарихы ғана емес, ең алдымен фонетикалық заңдылықтар, фонетикалық құбылыстар жүйесінің тарихы болып табылады.
Тарихи фонетика тарихи тіл білімінің дербес саласы ретінде тарихи-салыстырма тіл білімінің даму процесінде қалыптасты. Фонетикалық заңдылықтарды диахрондық тұрғыдан зерттеу тарихи-салыстырма тіл білімінде тарихи фонетикалық өзгерістердің бір семьяға жататын барлық тілдерге қатысты түрлерін анықтады.
Тарихи фонетика сөйлеу тілінің дыбыстарын, дыбыстық заңдылықтарын қарастырмайды. Ол тек тілдік дыбыс жайлы ұғымды негізге алады, ал дыбыс жайлы ұғым фонетикалық белгілерді салыстыра қорытындылау барысында қалыптасады. Дыбыс жайлы ұғым тарихи салыстырам әдісімен және іштей қайта құру, реконструкция әдісімен туыс тілдер мен диалектілер материалдарын зерттеудің соңғы, ақырғы нәтижесі болып табылады. Отандқ түркология «тірі» және «өлі» тілдерді тарихи-салыстырма әдіспен зерттеу арқылы түркі тілдері тарихында р > з > й, д//т >з>й, ағ//ығ//уғ//ег//>у//й ауысуларының болғандығын анықтаса, қазіргі тіл фактілерін өзара салыстыру арқылы қазақ тілінде сол ауысулардың р>з, д>й, к//қ, у//й тәрізді іздері сақталғандығын айқындады. Ал мұндай сәйкестіктер қазақ тілінің көне түркі тіліне, тіпті жалпы алтайлық (түркі-монғол) тіл бірлестігіне қатыс дәрежесін көрсетеді. Салыстыра зерттеу түркі тілдерінің өзара айырым белгілерін айқындаумен бірге, бір тіл мен екінші тілдің байланыс дәрежесін, ондай байланыстардың жеке тілдердің құрылымына ықпалының қандай болғанын да айқындайды. Қазақ тілінде сөз басында айтылатын ғ, г, д, з кейде б дыбысы да таза түркілік құбылыс еместігі тарихи салыстырулар арқылы ғана белгілі болды. Сондай-ақ ішкі қайта құру әдісін қолдану арқылы қазіргі қазақ тілінде кейбір сөздердің бас шенінде айтылатын ж және н, а және ы, а және е,ы және і дыбыстары бір-бірінен ерекше фонетикалық құбылыс емес, бір ғана дыбыстың әр түрлі көріністері екенін айқындауға да болады. Мысалы, жайқалу және найқалу, арс-арс және ырс-ырс, жалт етті, жылт етті, аңқаңдау және еңкеңдеу, ырқ-ырқ және ірк-ірк тәрізді параллельдер құрамында аталған дыбыстар бірінің орнына екіншісі айтылған, бірақ бір-бірінен лексикалық дербес мағыналы сөз жасалмаған. Бұл сөздер құрамында сәйкес қолданылған дыбыстар бір ғана фонетикалық құбылыстың әр түрлі көрінісі дәрежесінде ғана. Егер осы фактілерді жалпы түркілік аяда салыстырып қарастырсақ, тілдердің даму тарихында й>дж//ж дыбыс ауысулары болғандығын көруге болады. Прототүркілік д дыбысы Сібір мен Алтайдағы түркі тілдерінде (якут т.б.) қатаң дыбысқа айналса, Орта Азияға орналасқан тілдерде әлсізденіп, ұяңдап кеткені белгілі. Сөз басындағы ж дыбысы сондай өзгерістердің нәтижесі деп қаралады.
Дыбыс синтагматикалық фонетиканың негізгі ұғымы, екінші сөзбен дыбыс өз қасиетін, өз қызметін, басқа дыбыстармен тіркесіп келгенде ғана толық айқындайды. Сондықтан әр дәуірдегі тілдің көрінісі ретінде дыбыс тіркес құрау қабілеті, құрай алатын тіркестердің түрі тұрғысынан қарастырылады.
Дыбыстар жүйесінің мәнді бөлігі фонема. Дыбыстық құрамдары бірдей, бірақ мағынасы басқа-басқа сөздер фонема арқылы ғана бір-бірінен ажырап түсініледі. Сөз мағынасы фонема арқылы ғана айқындалады. Сөз құрамындағы дыбыстың фонемалық қызметі қарама-қарсы қатынаста ғана көрінеді. Мысалы, ал, әл, ел сөздерінің құрамындағы дауысты дыбыстың фонема екендігі осындай қарама-қарсылықта ғана анықталса, шал, сал, қал, бал, тал сөздері құрамында басқы дауыссыздардың фонемалық қызметі де осы қарама-қарсы қатынаста көрініп тұр. Дыбыстың фонемалық қасиетін анықтау сыпаттамалы (синхрондық) тіл бөлімінің негіздеріне сүйенеді. Сыпаттамалы тіл білімі ғана дыбыстың фонемалық сыпаты жайлы ұғымды қалыптастырады. Тарихи (диахрондық) тіл білімі сол анықтама – ұғымды пайдаланады. Тарихи фонетиканың сыпаттамалы фонетикадан негізгі айырмашылығы – оның қағидалары жүйелі заңдылықтарды қорытындылап, жалпылап беруінде. Жеке дыбыстық өзгерістерді сол дыбыс енетін жүйенің тарихи өзгерісінің бір саласы ретінде түсіндіріп баяндау – тарихи фонетиканың басты мақсаттарының бірі болып табылады.