Гендік инженерияның мақсаты әрбір дербес құрылымдық генді бір өсімдіктен басқа бағалы сорттың өсімдігіне оны одан әрі жақсарту үшін енгізу. Қазіргі уақытта молекулалаық биологияның жетістіктерінің арқасында құрылымдық гендерді таза күйінде және де жеткілікті мөлшерде бөліп шығаруға әбден болады. Бұл жұмысты өсімдіктермен өткізген өте қиын себебі өсімдіктердің геномдары өте күрделі. Оның құрамында 150 мың гендер кіреді ал соның ішінде тек 5-10% бірегей ДНК генетикалық код қызметін орындай алады, яғни 25 мың гендер құрлымдық гендер болғаны. өсімдіктер геномында функциясы белгісіз көп қайталанған ДНҚ элементтері орасан зор. Сондықтан өсімдіктердің бір белгісін кодтайтын жеке гендерін теңестіру өте қиын да ауыр жұмыс. Одан басқа бірқатар маңызды белгілер тек бір генде емес, көптеген гендерде жазылған мысалы өнімділік тез пісіп жетілу, азотты сіңіру, ортаның қолайсыз факторларына төзімділік белгілері полигендік болады. Бірақ олардың биохимиялық негіздері белгісіз.
Гендік инженерияның әзірше алға қойған мақсаты анық бір белгі жазылған қарапайым гендермен айналысу. Мысалы гербициттермен пестицидтерге төзімділік гендері тб өсімдіктің құрылымдық гендерін бөліп алу үшін гендік инженерия әдістері қолданылады.
Гендердің көптеген геномдық көшірмелері ДНҚ ның комплементарлық тізбегін кері транскриптаза көмегімен матрицалық РНҚ да синтезделу арқылы алынған. Ревертаза таза көмегімен үйлесімді и РНҚ болса көрінген дербес генді синтездеуге болады. Ал иРНҚ ны бөліп алу әдістері жақсы дайындалған. Бұдан басқа белоктың алғашқы құрылымын зерттеу әдістерінің жетілдіруі арқылы сол белокты кодтайтын генді химиялық биологиялық жолмен синтездеуге болады. Сонымен қатар ол үшін ДНК ның нуклеотид қалдықтарының ізділігін тура анықтауға қолдануға болады.
Қазіргі уақытта әр түрлі өсімдіктердің жүзден астам құрылымдық гендері бөлініп алынған және жан жақты талданған. Бұл гендерге қор белоктарының түрлі ферменттердің гендері, ыстықпен енмесе суықпен анаэробтық жағдаймен немесе патогендік микроорганизмдермен индукцияланатын гендер жатады. өсімдіктердің құрылымдық гендерінің бір бөлігі құрамы әр түрлі мультигендер болып табылады. Мысалы актин, гистон, леггемоглобин бұршақ және астық тұқымдастарының қор ретінде жиналатын кейбір белоктарының гендері. Қор белоктарының молекулалық салмағы және компоненттер саны бойынша едәуір линарлық полиморфизімді болады. Олардың құрылымыжөніндегі информация ДНҚ денгейінде аса сақталынады. Сонымен қажетті белгіні кодтайтын гендерді бөліп алу қиындығы, олардың бірегейлігінде геномында сирек кездесуіне байланысты немесе олардың хромосомаларының топтасып орналасуына байланысты.
Өсімдіктер қоршаған ортаның көптеген қолайсыз факторларына тап болады. Олар жоғары және төменгі температура ылғалдың жетіспеушілігі, топырақтың тұздануы ауаның газдануы, минералдық заттардың жетіспеушілігі немесе керсінше шектен тыс көбеюі. Бұл факторлар өте көп болғандықтан олардың қорғану жолдары да әр түрлі физиолгиялық қасиеттен құрылымдық өзгерістерге дейін. Өсімдіктердің қандайда болмасын стрес факторына төзімділік көптеген гендерге байланысты.