Филогенез немесе филогения (көне грек. φῦλον, phylon — тайпа, нәсіл мен көне грек. γενετικός, genetikos — туылумен байланысты), — — организмдердің тарихи дамуы. Биологияда филогенез биологиялық түрдің уақыт бойынша дамуын қарастырады. Биологиялық классификация филогенезге негізделген, бірақ ағзалардың филогенетикалық көрсетілімінен методологиялық көрсетілімі ерекшеленуі мүмкін.
Филогенез эволюцияны генетикалық сызық — ата-анасынан ұрпаққа дейінгі ағзалар уақыттар өте келе тармақталып бөлінетін процесс ретінде қарастырады және оның жеке тармақтары сол немесе белгілі бір өзгереді немесе жойылып кетеді.
Филогенетикалық ағаштың тармақталуы туралы қазіргі білім алдымен Карл Линнейдің барлық табиғаттың (соның ішінде жансыз) «Табиғи жүйенің» көрінісі ретінде тұжырымдалған тірі организмдердің жіктелуін жасау арқылы алынды. Кейіннен мұндай «Табиғи жүйенің» жоқтығы анықталды және жануарлар мен өсімдіктерде көрсетіп, қабылданған Карл Линнидің осы жүйесі — филогения, яғни биологиялық эволюцияның нәтижесі.