Көбінесе мақсатты өнімдер биомассаның өзінде немесе сұйықтықтығында болады. Осы екі түрде де ең алдымен фазаларға бөлу керек. Биомассамен сұйықтықтың қасиетін мақсатты түрде қолдану үшін әр — түрлі процестерді қолданады.
Ферментация процесі аяқталғаннан кейін культуралды сұйықтықтың құрамында микроорганизмдердің тіршілік етуіне қажетті заттар, қоректік ортаның қалдықтары көбік сөндіргіш ерігіш және ерімеген заттар болады.
Тұндыру – гравитациялық күштің әсерімен бөлу (көбінесе ағынды суда тазалау кезеңінде).
Фильтрлеу – суспензияның сіңуі фильтрация өнімдері арқылы, қатты фазаларының бөлшектері биомассадағы ерітінділері тежеледі. Осы әдісті антибиотикті өндіру өндірісінде қолданылады, нақты осы кезде микроорганиздердің продуцентін мицелиальдық мақсатта қолданылады.
Сепарирлеу, центрифугалық – орталықкүштің әсері арқылы бөлінеді. Ашытқы мен бактерияны көбінесе бөліп, биомасса өнімдерін алу үшін қолданылады.
Микрофильтрлеу, ультрафугировалық – мембрана арқылы жас өлшемдердің суспензияның сіңуі, микроорганизмнің жасушаларын қамтамасыз етіп отыратын мембранада және еркән жасушалардан ерітіндіні алу. Ультрафильтрация тек жасушаларды ғана емес, үлкен молекулаларды да ерітінді ортада қанықтырады.
Коагуляция – қосымша реагенттік суспензияда, үлкен агломераттық клеткалар және оларды сұйықтық ортамен бөлінуі.
Флотация – көбікті – көпіршіктердің биомасса микроорганизнің алымы және оның көпіршіктен фракцияның бөлінуі.